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Vakuolen sind Zellorganellen. Sie sind ähnlich wie Vesikel gebaut, aber sehr viel größere von einer Membran umschlossene Räume. Aufgrund ihrer Größe sind sie auch im Lichtmikroskop erkennbar. Sie treten zum Beispiel als Nahrungsvakuolen auf, die sich durch Phagozytose aus Teilen der Zellmembran gebildet haben.Besonders auffällig ist die Zellsaftvakuole (auch zentrale Vakuole oder Zellsaftraum genannt). Sie nimmt bei ausgereiften Pflanzenzellen meist das größte Volumen der Zelle ein. Die Membran, die die Vakuole vom angrenzenden Cytoplasma abgrenzt, wird Tonoplast genannt. Im Inneren der Vakuole befindet sich eine Flüssigkeit, der Zellsaft, welcher im Gegensatz zum Cytosol sehr wenig Proteine enthält und daher nicht plasmatisch ist. Vakuolen können folgende Aufgaben haben:Erzeugung eines prallen Zustands der Zelle durch den Turgordruck; Stoffspeicher von Proteinen, organischen Verbindungen und Ionen, also Stoffen, die giftig wirken oder den Stoffwechsel stören könnten; Durch Lagerung von giftigen oder unangenehm schmeckenden Stoffen können sie sich vor Tierfraß oder Pilzbefall schützen (z.B. Calciumoxalatkristalle);